Le séquençage génétique consiste à analyser un fragment d'ADN afin de déterminer l'ordre des nucléotides qui le composent.
utilisent des procédures biologiques complexes couplées à un traitement informatique des données. L'ensemble du processus permet d'obtenir, à bas coût, des renseignements sur une partie ou l'ensemble du génome.
Les techniques de NGS peuvent être utilisées dans le cadre d'une approche génétique dite "constitutionnelle" : par exemple pour rechercher, au sein d'une famille, les gènes qui prédisposent à la mucoviscidose ou au cancer du sein (BRCA).
Le NGS peut être également utilisé dans le cadre d'une approche génétique, dite "somatique", afin de pister les altérations de l'ADN des cellules qui composent les tumeurs.
Le séquençage génétique des cancers fournit des pistes inédites de traitements pour des maladies complexes et graves. La France, par le biais de ses 28 plateformes hospitalières de génétique moléculaires déployées après la publication du premier plan Cancer, est très bien positionnée dans le domaine.
Personnalisation du traitement des Cancers du Sein et médecine de précision
La personnalisation des soins par l’étude des gènes peut prendre de multiples formes. Trois aspects de cette personnalisation sont au cœur des pratiques de l’Institut Français du Sein :
- Les signatures génomiques : la publication dans le New England Journal of Medicine des résultats de l’essai Nord-Américain TailorX. confirme de manière éclatante ce que nous savions déjà : des milliers de femmes sont traitées inutilement par chimiothérapie. L’Institut Français du Sein, qui s’est positionné d’emblée sur l’usage du test Oncotype DX, fait figure de pionnier. Nous sommes fiers et heureux d’avoir évité tant de chimiothérapies à des femmes qui n’en avaient nul besoin.
- Le dépistage des mutations génétiques : en le rendant plus accessible, on pourrait éviter de nombreux Cancers du Sein et de l’Ovaire. Marie-Claire King, qui est la découvreuse des gènes de prédisposition au cancer du sein BRCA, pense qu’on pourrait ainsi sauver des milliers de vies.
Nous le pensons aussi. Le sujet a été l’objet d’un post sur le site et d’une interview dans l’émission quotidienne de Jean-Jacques Bourdin, réalisée à l’occasion de la publication du rapport de synthèse des Etats Généraux de la Bioéthique.
- Et enfin, le séquençage génétique des cancers. Le sujet est crucial et nécessite d’entrer dans le détail pour en comprendre les enjeux. Nous allons voir concrètement comment cette technique s’articule avec d’autres éléments cliniques ou biologiques pour offrir aux patient(e)s les éléments d'une médecine de précision.
Le cancer sont dûs à des altérations génétiques
Notre corps est composé de cellules différentes dont l’assemblage constitue les organes. Ces cellules se multiplient pour renouveler ou réparer les organes (par exemple l’ensemble des cellules de l’intestin se renouvèle tous les 5 jours, la peau se renouvèle tous les 28 jours). Le Cancer, c’est la dérégulation de la multiplication des cellules. Notre ADN ou code génétique constitue le mode d’emploi du bon fonctionnement cellulaire. Nous avons environ 20000 gènes qui nous caractérisent et régulent notre physiologie. Le développement d’un cancer est dû à l’accumulation d’anomalies génétiques qui transforment une cellule normale en une cellule tumorale ne répondant plus aux éléments de contrôle. Il existe plusieurs types d’altérations dont les plus communes sont : Les mutations : un ou plusieurs endroits du code génétique sont modifiés (petites modifications de quelques lettres) résultant dans l’activation des gènes pro-cancers (accélérateur) ou l’inactivation des gènes anti-cancers (frein). Les amplifications ou les délétions : de gros morceaux des chromosomes se trouvent en plusieurs exemplaires (amplification) ou sont absents (délétion). Les conséquences sont une augmentation ou une absence d’expression de certains gènes importants pour la régulation de la fonction des cellules. Les progrès rapides des dernières années dans les tests génétiques et le «séquençage» du génome ont permis le séquençage rapide du génome complet d ‘une cellule tumorale. Nous savons maintenant que chaque cancer est unique au niveau moléculaire et qu’il existe une grande diversité de mutations propres à chaque patient. Nous avons actuellement une carte génétique précise de la majorité des cancers qui peut nous servir à optimiser les traitements pour chaque patient.
Une analyse contextuelle
Les données de séquençage ne sont pas suffisantes pour prédire une réponse thérapeutique. Il est primordial d’avoir un dialogue autour des résultats pour les interpréter en fonction du contexte de votre maladie. Ainsi, par exemple, la même mutation n’a pas la même signification dans deux types de tumeur différents (mutation du gène BRAF dans le cancer du colon ou dans le mélanome par exemple) ni à différents stades de la maladie : initial, en récidive ou métastatique. La prise en charge de ces spécificités peut permettre de conseiller un traitement personnalisé optimal. C’est une forme sophistiquée de ce qu’on nomme aujourd’hui la médecine de précision.
Médecine génomique pour un traitement personnalisé en cancérologie
Les dernières techniques de séquençage permettent obtenir le profil génétique et une analyse biologique intégrée au contexte clinique de chaque cancer.
Une approche exhaustive de séquençage complet du génome tumoral permet d’identifier les anomalies génétiques qui sont essentielles au fonctionnement tumoral et d’obtenir une carte d’identité précise de chaque tumeur. Il est ainsi possible de prédire la réponse aux traitements ciblés ou à l‘immunothérapie. L’intégration de l’analyse génétique lors du parcours thérapeutique peut permettre ainsi aux oncologues de faire un choix personnalisé sur la stratégie thérapeutique à adopter.
Cette médecine personnalisée est une des voies les plus prometteuses en cancérologie. Elle consiste à traiter chaque patient de façon individualisée en fonction des spécificités génétiques et biologiques de chaque tumeur. Les programmes de médecine personnalisée à travers le monde démontrent un bénéfice pour les patients avec un impact sur l’optimisation thérapeutique et la survie.
La détermination du profil biologique d’une tumeur permet d’améliorer le traitement à plusieurs niveaux : - Choisir une chimiothérapie efficace permettant la réduction optimale de la maladie.
- Détecter et éviter les chimiothérapies moins efficaces et pouvant induire des effets secondaires importants.
- Définir des thérapies ciblées qui traiteront spécifiquement les cellules tumorales.
- Déterminer l’intérêt de thérapies innovantes comme l’immunothérapie et les essais cliniques.
C’est tout l’enjeu de la théranostique, une approche médicale nouvelle qui combine biologie et traitements innovants. Elle offre d’ores et déjà des possibilités thérapeutiques inédites.
La publication d’un cas de rémission complète d’une patiente atteinte d’un cancer du sein métastasé repousse un peu plus les frontières.